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樹皮の薬用名は黄檗（オウバク）であり、樹皮をコルク質から剥ぎ取り、コルク質・外樹皮を取り除いて乾燥させると生薬の黄柏となる。黄柏にはベルベリンを始めとする薬用成分が含まれ、強い抗菌作用を持つといわれる。チフス、コレラ、赤痢などの病原菌に対して効能がある。主に健胃整腸剤として用いられ、陀羅尼助、百草などの薬に配合されている。また強い苦味のため、眠気覚ましとしても用いられたといわれている、また黄連解毒湯、加味解毒湯などの漢方方剤に含まれる。日本薬局方においては、本種と同属植物を黄柏の基原植物としている。

1. 抗炎症作用 (メタノールエキス)
   とくに下半身の様々な炎症に用いる。下肢の関節炎や運動麻痺、痺れ感などに用いる。化膿症や打撲傷などにも外用薬として応用する。
2. 清熱作用
   消耗性疾患における発熱 (虚熱) に用いる。肺結核や慢性気管支炎などの発熱時に知母などと配合する (滋陰低下湯) 。腎結核や慢性尿路感染などにも知母などと配合する (知柏地黄丸)

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